Nas terras deste concelho existem vestígios de Mértola ter sido um entreposto comercial importante na época dos Fenícios, Cartagineses, Romanos e Árabes, devido à existência de via fluvial e terrestre com ligação ao Sul da península.

A toponímia seria Myrtilis, na época romana, passando a ser posteriormente Mértola.

Os Árabes deixaram uma fortaleza, posteriormente ocupada pelos cristãos, e uma mesquita, que veio a ser transformada em igreja paroquial da sede do concelho. Em 1238, D. Sacho II conquista Mértola aos mouros, doando a vila à Ordem de Santiago para esta a repovoar.