Em 1336, a Rainha Santa Isabel, então com 65 anos, deslocou-se a Estremoz desde o convento franciscano em Coimbra onde se tinha recolhido após a morte de D. Dinis, seu marido, de modo a evitar uma guerra entre o seu filho Afonso IV e o rei de Castela Afonso XI. Afonso IV declarou guerra a Afonso XI pelos maus tratos que este infligia à sua esposa D. Maria (filha do rei português). A Rainha Santa Isabel colocou-se entre os dois exércitos desavindos, e de novo evitou a guerra tal como tinha acontecido em 1323 na batalha de Alvalade, entre as tropas de D. Dinis e as de D. Afonso IV.Estremoz foi o local de falecimento do rei D. Pedro I, em 1367, no convento dos franciscanos.
Na crise de 1383-1385, foi uma das cidades conquistadas no Alentejo por João de Aviz e Nuno Álvares Pereira, logo a seguir ao acto de início das hostilidades desta crise dado com o assassino do Conde de Andeiro em Lisboa. Foi nas proximidades de Estremoz que se deu a primeira batalha entre as duas facções da crise, a batalha dos Atoleiros.
Em 1659, foi em Estremoz que o exército português se reuniu às ordens de D. António Luís de Meneses, conde de Cantanhede, para socorrer Elvas, que se encontrava cercada por um exército espanhol, comandado por D. Luís de Haro. De ali partiram para derrotar os espanhóis na Batalha das Linhas de Elvas, tendo causado enormes baixas aos seus adversários.
Em 1663 o exército espanhol, comandado por D. João de Áustria e o exército português, comandado pelos condes de Vila Flor e de Schomberg defrontaram-se nos campos de Ameixial a 5 km de Estremoz. O exército espanhol tinha acabado de conquistar Évora. Era constituído por 3.000 cavaleiros e 2.000 homens a pé, sendo este um dos mais perigosos ataques espanhóis durante a guerra da Restauração. Depois da batalha, o exército espanhol retirou para Badajoz.
Em Fevereiro de 1821, Mouzinho da Silveira foi encarregado da diligência de arrecadação da Fazenda em Estremoz.